Europol wird zunächst Befugnisse im Bereich der Sammlung, Analyse und Weitergabe von Daten haben und damit in einem grundrechtlich hochsensiblen Bereich arbeiten. Rechtsschutz gegen Handlungen von Europol kann teils bei der Gemeinsamen Kontrollinstanz bei Europol, teils vor nationalen Gerichten gesucht werden. Die Gemeinsame Kontrollinstanz ist jedoch durch verschiedene Beratungsaufgaben in die Verantwortungsstruktur Europols eingebunden und kann in bestimmten Fällen Rechtsschutz nur unter erschwerten Bedingungen gewähren. Dies wirft Probleme der Unparteilichkeit, der Waffengleichheit und der Effektivität des Rechtsschutzes nach deutschem Verfassungsrecht und der EMRK auf.